労働基準法において、１日８時間を超える労働をさせた場合について、２割５分以上の割増賃金を支払わなければならないと定められております。
この１日８時間については、実際に労働した時間のことをいいます。

所定の始業時刻に１時間遅刻して、１０時より勤務を開始し２時間の残業を行ない、２０時に終業した場合は、実際に労働した時間は９時間となります。

つまり、この９時間のうち８時間を超える労働である１時間分についてのみ、時間外労働として法令の割増賃金を含めて（×1.25）を支払うこととなります。

したがって、前記のように１時間分の残業手当を支払うことになるために、時間外労働２時間分のうち、遅刻した1時間分が相殺されたのと同様の結果となるのです。